琼山历史悠久，是国家历史文化名城，素有“琼台福地”之美称。约新石器时代中晚期(距今3000多年)已有人类在此生息。秦朝时琼山地属象郡边陲，汉武帝元封元年(公元前110年)在此建谭都、玳瑁两县，属珠崖郡(郡治地琼山)。初元三年(前46年)属合浦郡朱庐县，建武十九年(公元43年)改为珠崖县。三国东吴赤乌二年(公元239年)称朱庐县。隋朝大业六年(610年)时属颜庐、舍城两县。唐武德五年(公元622年)改颜庐为颜城县，属崖州;贞观元年(公元627年)析舍城县置琼山县，因县境内白石都(今新民乡)有一座山名琼山，又有琼山、白石两村，泥土石头皆白如玉且润泽，便以山名取县名，琼山县名自此始;贞观五年(631年)设琼州，州治位于今旧州镇。宋开宝四年(971年)移治府城，至清朝，琼山县都是琼州府的所在地，故府城以此得名。自明代琼州升格为府后至民国初年，琼山一直是海南岛的政治、经济、文化中心。1950年4月琼山县解放，县政府驻府城，1952年迁往岭脚，1955年又迁回府城，1958年12月曾并入海口市，1959年11月恢复琼山县，1994年1月撤县设市，2002年10月海口、琼山行政区划调整，2003年1月1日琼山区设立。琼山是中国首届明星市(县)、全国文化模范市、中国优秀旅游城市、全国双拥模范城。