然而，先天不足的港口条件制约了吉布提港的进一步发展。首先是水深问题。吉布提港现有泊位14个，具体情况如下表所示：

从上表可以看出，吉港最深的泊位也只有12米深，这就限制了一些大型及超大型船舶的停靠。据权威人士预测，今后国际上几条主要航道将主要行驶超大型货轮，而吉布提港正位于繁忙的红海航道上，扼红海进入印度洋的要冲曼德海峡（仅宽54海里），地理位置十分重要，是连接亚、非、欧三大洲的十字路口。在此经过的大型船只非常多，而吉布提港有限的水深条件使得很多大型船舶无法停靠，影响了吉布提港的未来发展。另外，随着以美国为首的西方国家在全世界开展反恐行动，吉布提港优越的地理位置成为许多西方国家驻军和训练的首选之地，法、美、英、德、意大利、西班牙先后在吉布提驻军，法国、德国和美国还在吉布提港停靠军舰。然而，由于吉布提港的限制，西方国家如航空母舰等大型军舰在进入吉布提补给无法靠港，只能停在锚地上靠补给船往来补给。这也使得吉布提港在使用效率上受到限制，并造成一定的经济损失。

其次是港口位置问题，现在的港口位于吉布提市西北部，距离吉布提市中心只有1公里的路程，诸如总统府、外交部等政府机构以及使馆区都距离港口很近。尤其是坐落在港口内的壳牌、美孚以及道达尔公司的油库，已形成对吉布提市安全的一大隐患。在九十年代初的吉布提内战时，吉港内的油库就险些被北方军队的炮弹击中。基于以上原因，建设新的吉布提自由港成为吉布提政府发展经济的首要目标，而新港中的油码头更是优先建设项目。

吉布提新港地址选在位于距离吉布提老港区15公里处的多哈雷（DORALEH），吉布提市内有公路可直达该处。新港的位置有着得天独厚的优势。首先，多哈雷地区的水深平均为20米，完全可以满足大型集装箱船、超大型油轮以及航空母舰的停靠。其次，它比吉布提老港更向塔朱腊湾内部延伸，终年基本上没有大风浪，即使在6月至9月的季风期，刮强劲干热的西风（当地人称之为“KHAMSIN”，时速接近30节）时，此处也基本上没有大浪，是一个天然良港。另外，它距离吉布提至埃塞俄比亚干线公路的入口处只有5公里，交通十分方便，新港建在此处，也避免了由于货运卡车频繁进出吉布提市造成的交通问题。

目前，新港建设的可行性研究及规划工作已经基本上完成。该规划仍由迪拜港的开发部门执行，由意大利的规划技术人员承担。新港主要由西区和东区组成，其中东区为石油码头，也是优先发展的项目。西区建集装箱码头和大型工业保税区和开发区。建设新港的资金主要由科威特基金、沙特阿拉伯基金和阿布扎比基金提供，吉布提政府也自筹一部分。日前从科威特基金获得消息，吉布提新港油码头项目已经进入科威特基金的准备程序，油码头总投资为9千万美金；另外，科威特政府也已经承诺在新港内建一座小型炼油厂。根据以往经验，油码头项目可能会在一年内进行招标。目前，已有我国中港集团等企业开始跟踪该油码头建设项目。以往吉布提旧港的4期建设均由法国COLAS跨国集团建设，该公司在当地有很大的影响力。我公司若想取得此项目目前难度很大，除非带资进入，并有政府的大力支持才有希望。油码头建成后，吉布提现有的壳牌、美孚和道达尔石油公司油库将全部迁往新港。

油码头建成后，吉政府准备在新港西区建设大型工业保税区、开发区和集装箱码头。目前这一部分资金还没有完全落实，但是阿拉伯国家的一些基金已经口头答应出资，另外吉政府正在筹款准备自行解决一部分，并同时进行招商引资，或实行BOT。吉布提港口政府代表多次向我处表示，因为中国在建设保税区及开发区方面取得很大成就，拥有丰富经验，所以吉方希望中国能帮助他们建设工业保税区，并建议用BOT形式，我出资、我建设、我经营、我获利，然后逐步交由吉方经营，使吉布提成为中国商品进入东非地区的桥头堡和集散地。另外，吉政府相关部门正在着手制定新的保税区及开发区规定。现有投资法对于外国投资已有很优惠的规定，例如：1、投资当年及以后5年内免除营业税；2、免除实施投资项目所需设备、材料税和国内消费税；3、在头5个会计年度内，为生产替代进口产品所需进口的原材料可免除国内消费税；4、免除建筑许可证税，减、免注册税和土地税。据悉，新的规定将更有利于在吉投资，甚至在降低劳动力成本、水电费优惠方面都会作进一步的规定。