贝宁的饮用水管理体制比较特殊，水利部水利司（DGE）负责城市供水，贝宁国家自来水公司（SONEB）负责农村地区的供水、城区污水的处理和排空，而贝宁卫生和净化司（DHAB）负责农村和城市的水净化工作。在目前“权力下放”的背景下，贝宁政府在农村地区推出“自来水供给（AEP）”2006-2015年国家战略。

贝宁政府意识到，没有水资源领域的发展，就谈不上千年发展目标的实现。为此，政府计划在2015年实现城区自来水平均接入率达到75%，农村地区和城乡结合部接入率达到67.9%。

作为配套措施，贝宁政府还将在农村地区和城乡结合部打井6475口，并配备水泵；新造537座农村供水设施（AEV）和287座自主供水站（PEA）。在城市，实现自来水客户增长22%，19万户家庭（约220万居民）将从中受益。

在水净化领域，贝宁政府将力争使2006年的34.7%的自来水接入率提高到2015年的66.8%，预计2007—2015年投资额在4609亿西非法郎（1美元约合500西非法郎）。农村地区和城乡结合部的供水计划投资额在1781亿西非法郎。为了实现千年发展目标，在净化领域的总投资额在1.55亿美元。

根据2007年的预测，农村地区和城乡结合部的饮用水接入率约为46.5%，城市约为51.8%。但是地区之间差距很大。城乡结合部、小城镇有被边缘化的倾向。以水净化为例，还有67%的人口没有自来水，只有15%的人口将垃圾送到垃圾桶里。另外，2006年，仅有34.6%的家庭拥有厕所，城市居民和农村居民的厕所减少的比例分别为15.1%、61.4%。