伊朗海关中央总部由海关总长办公室和四个副总关长办公室组成，负责十个监管分支机构和德黑兰各执行海关的管理和监督工作，而分布在全国各地的十个监管机构则对地方执行海关进行管理。迈赫尔阿巴德海关（MEHRABAD）、沙里亚尔海关（SHAHRIYAR）、西南海关（WEST ＆ SOUTH）和展览及邮政海关的运行由德黑兰中央总部直接管理。

　　伊朗全国共有141个执行海关，分布在德黑兰和各大城镇、边境地区和一些波斯湾岛屿及边境市场。

　　伊朗海关中央总部下设安全保障部、地区海关协调部、公共关系及国际关系部、调查部和争端解决委员会，对监管机构和执行海关的工作进行指导和协调，根据情况，颁布或通告海关条例、指令和业已通过的法律、法规及其他必须遵照执行的措施，对执行海关提出的异议和问题进行调查并作出最终裁决。上述部门在海关总长的指导下进行工作。

　　四个副总关长分别下辖以下部门和办公室：

　　1．海关事务副总关长：进口部、出口部、海关估价及关税税则部。

　　2．法律和监管事务副总关长：过境事务部、文件核审部、法律事务部。

　　3．行政和财政事务副总关长：服务及采购部、行政事务部、财政事务部、组织及预算部。

　　4．工程和规划事务副总关长：海关体系规划和改进部、统计和服务自动化部、海关培训和研究部、海关数据自动化系统国家工程部。