内蒙古自治区科学技术协会（简称内蒙古科协）是1958年11月在内蒙古自治区科学技术普及协会和中华全国自然科学专门学会联合会内蒙古分会的基础上成立的，是中国科协的地方组织。

1958年11月27日，内蒙古科联和内蒙古科普协会合并，成立内蒙古自治区科学技术协会，成为中国科协的地方组织。

1959年10月20日，内蒙古科协第一次代表大会在呼和浩特召开，会议讨论通过了科协成立一年来的工作报告和《内蒙古自治区科学技术协会章程》，选举产生了科协第一届委员。截止目前，按照章程先后召开了六次代表大会。

2008年9月22日，内蒙古党委印发《内蒙古党委关于加强时期科协工作的意见》（内党发 [2008] 15号）。

2010年8月18日，内蒙古科学技术馆新馆工程建设项目举行开工奠基仪式。

目前，内蒙古科协系统已形成覆盖理、工、农、医和交叉等多学科，涉及城乡社区、企业和学校等多领域、多层次的组织网络。拥有自治区、盟市、旗县（市、区）、乡镇苏木（街道）四级科协组织1116个。自治区12个盟市科协全部独立建制，101个旗县（市、区）科协，独立建制的有76个。现有组织机构37223个，其中：基层科协112个，企业科协140个，自治区级学会90个，团体会员2306个，街道、乡镇科普协会1156个，农技协3967个，青少年科技教育机构58个，各类科普场馆、科普教育示范基地、示范学校、科普活动站（青少年工作室）6464个，科普网站86个，科普从业人员17400人，各类科普协会拥有个人会员57万人，其中中级以上职称7万人。

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