在放开外贸经营权的同时，马其顿也放开了大部分商品的经营权。目前马97％的商品可以自由进出口，主要通过价值规律和市场机制加以调节。

　　马其顿对个别需要保护国内产业的和敏感的商品实行配额和限量进出口管理。在进口方面，受配额管理的商品占2％，包括马本国生产的部分产品和全部农产品；在出口方面，主要为防止自然资源的过量出口而采取配额管理。另外，根据马其顿与欧盟签署的经贸协定，马向欧盟出口纺织品、农产品和食品受被动配额限制。

　　马其顿政府每年10月31日颁布下一年的配额量、配额贸易的地区定向和发放配额的进度。配额分配采取招标形式，同时留出10％的配额量用于机动（如未曾预料的新的生产进口需要、在马举办博览会进口需要等），配额有效期为一年。对马外交部批准的易货贸易项目，涉及到受配额管理的进出口商品可事先得到安排。

　　马其顿对有关国家安危的战略物资和重要物资实行许可证管理，主要为军火、稀有贵重金属、麻醉品、有毒物质、属于危险品的废料、文物等。

　　另外，对有动植物检疫、卫生检查或品质检验的商品，需获得马外交部颁发的许可证后方可进口。