Mike Szegedy

mike**[ta]**eszegedy.com

Julius Tarng

针修复，旧金山，加利福尼亚州

dantasse**[ta]**.edu

Pratyush Tewari

tewari.pratyush**[ta]**il.com

KeVon Ticer

Kjticer**[ta]**il.com

欧文彤

owen.tong11**[ta]**il.com

安娜•特纳

annaturn**[ta]**rew.cmu.edu

凯瑟琳•福格特

kvogt9**[ta]**il.com

路易丝Vongphrachanh

louiv**[ta]**.edu

Mike Vu

emailmikevu**[ta]**il.com

Liz Wagstaff

elizwagstaff**[ta]**il.com

艾拉•沃尔什

awalsh**[ta]**rew.cmu.edu

Chris Wang

chriswang**[ta]**.edu

雪莉王

sqwang03**[ta]**il.com

蒂芙尼王的形象

tiffanyrwang**[ta]**il.com

王晓月

xiaoyuewang.wxy**[ta]**il.com

Eliane Wiese

stampfer**[ta]**cmu.edu

412-268-***

纽厄尔 - 西蒙厅***

Jason Wiese

犹他大学

wiese**[ta]**.edu

华盛顿大学信息学院副教授，CS＆Engineering副教授

行政管理人员

Jo Bodnar

行政助理

jobodnar**[ta]**cmu.edu

412-268-***

学院支持

vincent.aleven**[ta]**cmu.edu

koedinger**[ta]**.edu Google学者

jstamper**[ta]**cmu.edu

纽维尔 - 西蒙厅***

HCII部门负责人助理

412-268-***

forlizzi**[ta]**cmu.edu Google学者

纽厄尔 - 西蒙厅***

Indra Danti

本科课程经理

indras**[ta]**cmu.edu

412-268-***

行政协调员

412-268-***

bam**[ta]**cmu.edu Google学者

scott.hudson**[ta]**cmu.edu Google学者

james.morris**[ta]**.edu

纽维尔 - 西蒙厅***

marian**[ta]**cmu.edu

412-268-***

chinmayk**[ta]**cmu.edu

bmclaren**[ta]**cmu.edu Google学者

dps**[ta]**cmu.edu

johnz**[ta]**cmu.edu Google学者

纽厄尔 - 西蒙厅***

412-268-***

chris.harrison**[ta]**cmu.edu Google学者

jasonh**[ta]**cmu.edu Google学者

凯伦•哈伦

通信专家

kharlan**[ta]**cmu.edu

412-268-***

Queenie Kravitz（HNZ'13）

HCII博士课程副主任

qkravitz**[ta]**cmu.edu

412-268-***

詹妮弗•麦克弗森

MHCI项目协调员

jmcpherson**[ta]**cmu.edu

412-268-***

南克雷格街300号，206室

Lindsay Olshenske

就业流程经理

lwray**[ta]**cmu.edu

412-268-***

412-268-***

dabbish**[ta]**.edu Google学者

kiesler**[ta]**cmu.edu

robert.kraut**[ta]**.edu Google学者

martil**[ta]**.edu Google学者

jpuglisi**[ta]**cmu.edu

412-268-***

nkittur**[ta]**cmu.edu

aeo**[ta]**cmu.edu Google学者

lrhercki**[ta]**rew.cmu.edu

瑞安•里斯

业务经理

ryanries**[ta]**cmu.edu

412-268-***

纽厄尔 - 西蒙厅***

校友/企业关系协调员

stanleyj**[ta]**cmu.edu

412-268-***

妮可威利斯

MHCI学生事务主任

nicolewi**[ta]**cmu.edu

412-268-***

南克雷格街209号

技术人员

John Antanitis

研究助理

jantanit**[ta]**rew.cmu.edu

高级研究员

本•麦克拉伦

benjamin.maclaren**[ta]**cmu.edu

Nathan McKenzie

研究员II

伊丽莎白McLaughlin

科学技术专家

Octav Popescu

octav**[ta]**.edu

412-268 ***

彼得•沙尔登布兰德

pschalde**[ta]**cmu.edu

Jonathan Sewall

项目总监

sewall**[ta]**rew.cmu.edu

412-268-***

纽维尔 - 西蒙厅***

辛迪自卸车

纽维尔 - 西蒙厅2602G

玛丽亚汤普鲁

项目科学家

伊夫林Yarzebinski

eey2**[ta]**cmu.edu

米哈伊尔Yudelson

访问研究员

yudelson**[ta]**cmu.edu

412-268-***

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计算生物学系

什么是计算生物学？

现代生物学正处在一个范式转变的过程中

Robert F. Murphy

计算生物学系主任

计算生物学是回答“我们如何学习和使用从实验测量构建的生物 系统模型”的问题的科学。这些模型可以描述由特定的核酸或肽 序列进行的生物学任务，哪个基因（或哪些基因）当表达产生特 定的表型或行为时，基因或蛋白质表达或定位中的哪些序列变化 导致特定的疾病，以及细胞组织的变化如何影响细胞行为。这个 领域有时被称为生物信息学，但许多科学家使用后一个术语来描 述回答“我如何有效地存储，注释，搜索和比较来自生物测量和 观察的信息？”这个问题（这个问题以前由NIH早期工作组报告和 劳尔Isea。

一些因素造成了这些术语之间的混淆，包括计算生物学的顶级期 刊之一被称为“生物信息学”的事实，以德语为例，计算机科学 被称为“informatik”，计算生物学被引用就像“生物信息学”一样。有些人也觉得生物信息学强调生物学的信息流动。无论如 何，这两个领域是紧密联系的，因为通常需要“生物信息学”系 统来提供数据给创建模型的“计算生物学”系统，并且这些模型 的结果通常被返回以存储在“生物信息学”数据库中。

计算生物学是一门非常宽泛的学科，它试图为不同类型的实验数 据（如浓度，序列，等）和生物系统（如分子，细胞，组织，器官等）建立模型。并且它使用来自广泛的数学和计算领域（ 例如，复杂性理论，算法，机器学习，机器人等）的方法。

或许计算生物学家进行的最重要的任务（在计算生物学应配备预 期计算生物学家做培训）是框架生物医学问题作为计算问题。这 通常意味着以一种新的方式来看待一个生物系统，挑战当前关于 系统各部分之间关系的假设或理论，或者整合不同的信息来源，形成一个比以前尝试的更全面的模型。在这种情况下，值得注意 的是，主要目标不一定是增加人们对系统的理解; 即使小的生物 系统也可能足够复杂，科学家无法完全理解或预测其性质。因此，目标可以是模型本身的创建; 该模型应尽可能多地考虑当前可 用的实验数据。请注意，这并不意味着该模型已被证明即使模型 对新的实验做出了一个或多个正确的预测。随着非常有限的情况 下的例外，它无法证明该模型是正确的，只是为了反驳它，然后 提高通过修改纳入新的结果吧。

这个观点强调了机器学习在构建模型中的重要性。在大多数当前 的机器学习应用中，统计和计算方法被用来从大的现有数据集构 建模型，并且这些模型被用于处理新的数据。例如学习分类垃圾 件，启用指纹访问您的手机，并识别人类的语音。但是，越来 越多的机器学习应用程序在初始培训后不会停止学习。他们可以 从额外的数据中获取数据，甚至可以选择他们希望学习的额外数 据。这最后一个领域被称为主动机器学习，它有望在未来几年在 生物医学研究中发挥非常重要的作用。

一旦问题出现，计算生物学家的第二个主要任务就开始了。这是 借用，改进或发明方法来解决问题。目前的计算生物学研究可以 分成许多广泛的领域，主要基于分析或模拟的实验数据的类型。其中包括蛋白质和核酸结构和功能，基因和蛋白质序列，进化基 因组学和蛋白质组学，种群基因组学，调节和代谢网络，生物医 学分析和建模，基因 - 疾病关联以及疾病的发展和传播。

5000福布斯大道GHC 7725，宾夕法尼亚州匹兹堡1***

help**[ta]**.cmu.edu

www.cbd.cmu.edu

计算生物学教育项目清单

卡耐基梅隆大学教育项目

计算生物学系提供本科，硕士和博士水平的精英学位课程。要了 解更多关于我们的课程，请参阅我们的教育页面。

下面，你会发现在其他机构的计算生物学/生物信息学和相关领域，如生物统计学和生物数学的学位课程的链接。如果您知道以下 未列出的课程，请通知我们，我们很乐意提供此课程的链接。

美国本科生计算生物学/生物信息学课程

贝勒大学生物信息学 新泽西理工学院生物信息学 UC圣克鲁斯生物信息学

杨百翰大学生物信息学 俄亥俄州立大学生物医学信息学 UMass洛厄尔计算机科学与生物化学信息选项

Canisius学院生物信息学 新泽西州Ramapo学院生物信息学 亚利桑那大学生物信息学

卡耐基梅隆大学计算生物学 伦斯勒理工学院生物信息学 与分子生物学 内布拉斯加大学奥马哈生物信息学

克拉夫林大学生物信息学 罗彻斯特理工学院生物信息学 北爱荷华大学生物信息学

克拉克大学数学生物学和生物信息学 罗文大学生物信息 学 匹兹堡大学生物信息学

哈维Mudd数学和计算生物学 圣爱德华大学生物信息学 得克萨斯大学埃尔帕索分校生物信息学

爱荷华州生物信息学和计算生物学 圣文森特学院生物信息学 弗吉尼亚联邦大学生物信息学

洛约拉大学芝加哥生物信息学 史蒂文斯理工学院化学生物 学与生物信息学浓度 伍斯特理工学院生物信息学和计算生 物学

马凯特大学生物信息学 布法罗大学生物信息学和计算生物学

密歇根理工大学生物信息学 加州大学圣地亚哥生物信息 学重点为生物工程，生物学，化学或计算机科学

美国本科生物统计学课程

杨百翰大学生物统计学 宾夕法尼亚州立大学生物统计学 北卡罗来纳大学教堂山分校生物统计学

布朗大学生物统计学 圣路易斯大学生物统计学 新墨西哥 大学生物统计学

肯特州立大学生物统计学，环境健康科学和流行病学

美国研究生计算生物学/生物信息学课程

洛约拉大学生物信息学 辛辛那提大学生物医学信息学 波士顿大学生物信息学 马凯特大学生物信息学

科罗拉多大学丹佛分校基因组学与生物信息学 布兰代斯 大学生物信息学 新泽西理工学院生物信息学 特拉华大 学生物信息学

布朗大学计算生物学 纽约大学生物医学信息学 乔治亚大 学生物信息学 卡耐基梅隆大学计算生物学

北卡罗来纳州立大学功能基因组学 爱达荷大学生物信息学和计 算生物学 哥伦比亚大学生物医学信息学 北卡罗来 纳州立大学生物信息学

路易斯维尔大学生物信息学 康奈尔大学计算生物学与医 学（与威尔康奈尔医学院和纪念斯隆凯特林癌症中心） 东北大学生物信息学 UMass洛厄尔计算机科学生物/化学信 息选项

德雷克塞尔大学生物医学科学与生物信息学的浓度 西北大学 生物信息学 孟菲斯大学生物信息学 杜克大学遗传学和 基因组学

俄勒冈州健康与科学大学生物信息学和计算生物学 明尼苏达 大学罗切斯特生物信息学和计算生物学 杜克大学计算生物 学和生物信息学 罗彻斯特理工学院生物信息学

北卡罗莱纳大学教堂山生物信息学和计算生物学 佛罗里达 州立大学生物数学 罗文大学生物信息学 北卡罗来 纳大学夏洛特分校生物信息学和基因组学

乔治梅森大学生物信息学和计算生物学 斯坦福大学生物医 学信息学 内布拉斯加大学林肯分校计算机科学与生物信 息学专业 乔治城大学生物信息学

天普大学生物信息学 内布拉斯加大学奥马哈生物医学信息 学和生物信息学 佐治亚理工学院生物信息学 阿肯色大 学小石城生物信息学

宾夕法尼亚大学基因组学与计算生物学 大谷州立大学医学 和生物信息学 布法罗大学生物信息学和生物统计学 匹兹堡大学计算生物学

哈佛大学生物与生物医学科学系 加州大学伯克利分校计算生 物学 田纳西大学基因组科学与技术 印地安那大学布卢 明顿生物信息学

加州大学河滨分校遗传学，基因组学和生物信息学 托莱多大 学生物医学科学与生物信息学专业 印第安纳大学 - 普渡大学印 第安纳波利斯生物健康信息学 加州大学圣迭戈分校生物信 息学和系统生物学; 生物医学信息学

弗吉尼亚联邦大学生物信息学 爱荷华州立大学生物信息学 和计算生物学 加利福尼亚大学旧金山分校生物与医学信息学 圣路易斯华盛顿大学计算和分子生物物理学; 计算和系统生物学; 分子遗传学和基因组学

约翰霍普金斯大学生物信息学 加利福尼亚大学圣克鲁斯分 子生物工程与生物信息学 伍斯特理工学院生物信息学和计算生 物学 肯恩大学生物技术

美国研究生生物统计学课程

布朗大学生物统计学 肯特州立大学生物统计学，环境健康 科学和流行病学 麻省大学阿默斯特生物统计学

加利福尼亚州东湾生物统计学 密歇根州立大学流行病学和 生物统计学 北卡罗来纳大学教堂山分校生物统计学

纽约市立大学流行病学和生物统计学 俄亥俄州立大学生 物统计学 华盛顿大学生物统计学

哥伦比亚大学生物统计学 赖斯大学生物统计学 范德比尔 特大学生物统计学

杜克大学生物统计学 亚利桑那大学流行病学和生物统计学 华盛顿大学圣路易斯人类与统计遗传学

乔治华盛顿大学流行病学和生物统计学 布法罗大学生物信 息学和生物统计学 耶鲁大学生物统计学

约翰霍普金斯大学生物统计学 加州大学洛杉矶分校生物统 计学

希尔曼中心

计算生物学系位于卡耐基梅隆大学主校区希尔曼未来世代技术中心的七楼，紧邻匹兹堡奥克兰附近的福布斯大道。希尔曼中心是 盖茨 - 希尔曼综合体的一部分，卡耐基梅隆计算机科学学院是 2012年美国建筑学院建筑学院荣誉奖得主。

希尔曼中心是由亨利•L•希尔曼基金会（Henry L. Hillman Foundation）慷慨捐赠的1000万美元赠予的。

计算生物系包括教师，学生和工作人员的办公室，以及会议室和 充足的中央实验室空间。它提供了奥克兰天际线的广阔景色。

博士 校友

萨利姆乔杜里

博士 计算生物学

2010年8月 - 2015年2月

普林斯顿大学Olga Troyanskaya研究组博士后

顾问：Russell Schwartz博士

论文：肿瘤进展的进化模型重建算法

路易斯•佩德罗•科埃略

科埃略

2007年8月 - 2011年9月

博士后研究员，皮尔•博克集团，欧洲分子生物学实验室（EMBL ）。

顾问：Robert F. Murphy博士

网址：http://www.luispedro.org/

论文：使用和其他信息来源模拟亚细胞定位模式的空间

罗斯E.柯蒂斯

柯蒂斯

2008年8月 - 2011年12月

计算生物学家，祖先DNA

顾问：Eric Xing博士

论文：使用可视化和自动化加速遗传学发现

Geet Duggal

Geet Duggal

-Ph.D. 计算生物学

2012年8月 - 2014年12月

高级科学家，DNANexus

顾问：Carl Kingsford博士

网址：http: //www.**etduggal.com/

论文：确定DNA高阶三维结构的算法及其与基因调控的关系

大卫•法罗

2012年8月 - 2016年6月

软件工程师，Google

顾问：Roni Rosenfeld博士

论文：建立流感过去，现在和未来的模型

Darya Filippova

2010年9月 - 2015年7月

罗氏制药公司罗氏测序单元首席科学家

网站：http: //www.**.cmu.edu/~dfilippo/

论文：生物数据中显着亚结构的识别，可视化和压缩算法

格雷戈里R.约翰逊

Gregory R. Johnson博士

2012年8月 - 2016年1月

机器学习科学家，艾伦细胞科学研究所

博士论文：细胞成分组织的衍生模型

雅各约瑟夫

2006年8月 - 2012年8月

卡耐基梅隆大学软件工程研究所法医分析师

顾问：Dannie Durand博士

网站：http://www.**oseph.org/

论文：关于同源基因家族的鉴定和调查，特别强调多域家族的准 确性

沙巴卡德里

2007年8月 - 2012年1月

生物信息学，基因组学和分子病理学的研究中心情报，芝加哥大 学

顾问：博士。Veronica Hinman和Panayiotis（Takis）Benos

网站：http://www.**bahkadri.com/home.html

论文：miRNA在发育中的调控

约翰康

博士 在计算生物学

2009年8月 - 2013年8月

匹兹堡大学医学院医学系学生

顾问：Drs。Philip LeDuc和Russell Schwartz

论文：与形态学和力学转导有关的肌动蛋白细胞骨架力学的时 空模型

Joshua Kangas

2008年8月 - 2013年1月

首席科学官，定量医药，LLC。

博士论文：主动学习药物发现

Byoungkoo李

2005年8月 - 2009年8月

乔治亚州立大学数学与统计学系博士后

顾问顾问：Russell Schwartz博士

论文：拥挤条件下结合化学的随机离格点模拟

马俊

2008年8月 - 2014年5月

研究科学家，亚马逊

顾问：Joel Stiles博士，Ntahan Urban博士

论文：神经肌肉接头处突触小泡释放的定量模拟

Suvrajit Maji

博士后研究员，约阿希姆弗兰克实验室，哥伦比亚大学

顾问：马塞尔Bruchez博士

论文：对生物结构的超分辨率单分子显微生成模型