船营区是吉林市的发祥地和古城旧址。早在六万年前的旧石器时代，便有人类在这里繁衍生息。约在西周初期，开始从母系氏族社会向父系氏族社会过渡，出现原始氏族文化。西汉初年，出现了隶属中央的少数民族地方政权——夫余国。后因明清两代在此设船厂和水师营而得名。明永乐十八年（1420年）、洪熙元年（1425年）和宣德七年（公元1432年），明政府3次于此造船，始称船厂；顺治十三年（公元1656年），清政府在此建厂造船，后又设水师营训练水军。康熙十二年（公元1673年）建城，设将军衙，成为当时中国东北地区政治、经济、文化中心，船厂从此称吉林乌拉。1936年4月1日正式设吉林市时，始用船营区名。1948年3月9日吉林市解放，成立船营区人民政府。