南京解放后的近50年中，总统府一直作为机关的办公场所。自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建南京中国近代史遗址博物馆。经过精心的规划和五年的建设，至2003年已初具规模。目前，博物馆总占地面积为9万平方米，共分三个参观区域。中区（中轴线）主要是国民政府、总统府及所属机构；西区是孙中山的临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是行政院旧址、马厩和东花园。一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中。 

  今天，总统府正以诸多保存完好的近代中西建筑遗存，国内独一无二且厚重的历史文化氛围，珍贵的文物和史料，风景优美的自然环境，以及近30000平方米的休闲服务区，热情地欢迎来自全国和海内外的佳宾。