1949年3月琼崖区党委根据党中央关于实行民族区域自治的批示顷白沙县毛栈乡（今五指山市毛阳镇）成立了“琼崖少数民族自治区行政委员会”，管辖白沙、保亭、乐东3个县，陈克文任主任，王国兴（黎族）任副主任。

1951年1月，海南军政委员会决定进行新区域划分，同时撤销琼崖少数民族自治区行政委员会。1952年4月根据《中华人民共和国民族区域自治实施纲要》的规定，成立海南黎族苗族自治区人民政府筹备委员会，选举王国兴等35人为筹委人委员，通过了成立海南黎族苗族自治区人民政府工作草案。同年6月25日，海南黎族苗族自治区首届各界人民代表会议在乐东县抱由镇举行，会议讨论通过了《海南黎族苗族自治区人民政府组织条例》，选举王国兴等21人为自治区人民政府组织成员，王国兴（黎族）当选为主席，7月1日海南黎族苗族自治区人民政府正式成立。自治区成立初期，直辖白沙、保亭、乐东、琼中、东方5个县。

1953年7月自治区首府从抱由镇迁到保亭县冲山镇（今五指山市冲山镇），1954年1月将原属海南行政区的崖县、陵水两县划归自治区管辖，范围扩大到7个县。1955年10月，海南黎族苗族自治区第一届人民代表大会第二次会议在通什镇召开，会议根据1954年颁布的《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国地方各级人民代表大会和各级人民委员会组织法》的规定，宣布将海南黎族苗族自治区改为海南黎族苗族自治州，并将自治区人民政府改为自治州人民委员会。会议选举王国兴（黎族）为州长，林岳川（黎族）为副州长。1958年11月，根据中共广东省委的决定，撤销中共海南黎族苗族自治州州委，州人民委员会迁到海口与海南行政公署合署办公。1961年1月，经中共广东省委批准，恢复自治州原办事机构，并于1962年3月迁回到通什镇办公（今五指山市）。1961年新成立的昌江县划归自治州管辖，这一时期，自治州下辖8个县。1966年下半年，自治州开展“文化大革命”。1984年5月，经国务院批准，崖县撤县成立三亚市（县级），1986年6月，经国务院批准，通什市成立（县级），至此，自治州共管辖7县2市，继续享受民族区域自治政策优惠待遇。1987年12月，根据中共中央、国务院的决定，海南建省办经济特区，同时撤销海南黎族苗族自治州。

2001年7月该市由通什市更名为五指山市。下辖冲山镇、南圣镇、毛阳镇、番阳镇、水满乡、畅好乡和毛道乡7个乡镇。