京城商业银行之前身为台南区中小企业银行由台南区合会储蓄公司改制而成。成立之初，营业区域为云嘉南地区，以投标式合会业务营运。1975年7月4日银行法公布实施，规定合会储蓄公司依法须改为专业银行，故自1978年1月1日起改制为“ 台 南区中小企业银行”；简称 台 南企银；于同年1月5日正式对外营业。后于1983年7月20日股票公开上市。

改制京城银行

为符合改制商业银行标准最低实收资本额为新台币一百亿元，2005年增资新台币36亿元，于2006年5月3日更名改制为“京城商业银行”；名称“京城”两字取于“精诚所至；金石为开”、而企业标志为原省辖台南市市花“凤凰树”，象征银行立足府城、花开全台。

各地分行：

为拓展经营范围，1995年设立台北分行，即第一家跨区经营之分行；后配合主管机关解除中小企业银行跨区迁移之限制，陆续迁移部份分行，目前共有64个营业单位遍及台南及台北、新北市、桃园、新竹、台中、云林、嘉义和高雄地区。